A Gruta do Maquiné, também conhecida como Lapa Nova do Maquiné, foi utilizada pelo homem pré-histórico como um abrigo. Essas comunidades não tinham hábito de entrar nas zonas escuras e utilizavam as entradas das grutas como áreas protegidas onde realizavam diversas atividades, tais como alimentação, dormitório, etc. A existência de pinturas rupestres e de outros vários vestígios arqueológicos são indicadores desses usos.

A exploração pioneira da gruta provavelmente deu-se pela atuação de fazendeiros e moradores da região, que penetravam nas grutas para extração do salitre, matéria prima necessária para a fabricação de pólvora.

A partir de 1834, o naturalista dinamarquês Peter W. Lund, realizou estudos paleontológicos nessa gruta, encontrando vários fósseis de mamíferos.

A gruta sempre foi muito procurada por turistas, mas somente em 1967 recebeu investimentos mais expressivos do Governo do Estado para a implantação de uma infraestrutura adequada que proporcionasse conforto aos visitantes. Foi, por tanto, a primeira gruta brasileira a ser preparada para essa atividade.